内置式水箱自洁消毒器是利用微电解电化学反应的原理，使水中溶解的氯离子、水分子产生强氧化性物质，以达到对水体净化、消毒，杀菌、灭藻的功效。设备由循环泵、释能器（微电解槽）、控制器及能量传输电缆三部分组成，按安装位置可分为外置式和内置式。

内置式水箱自洁消毒器采用微电解原理，通过电化学反应，使水中溶解的氯离子、水分子产生以下氯化性物质；次氯酸（HCIO－），二氧化氯（CIO2），臭氧（O3），活性氧（O）、分子氯（C12）等。上述氧化性物质通过扩散和循环对水箱、水池中的所有水及水箱、水池内壁进行处理，破坏水中及水箱、水池内壁的细菌、藻类微生物细胞，达到消毒、灭藻的效果。

通过循环微电解水中物质，二氧化氯（CIO2），臭氧（O3），活性氧（O）、分子氯（Cl2）等，产生氧化物质杀灭饮水中的细菌；当水停留时间较长时可在水中产生一定浓度的氧化物质，持续消毒（相当于余氯的作用）。

水箱自洁消毒器消毒所需要的接触时间是很短的，但这一过程也受水质因素的影响，另外研究发现在水箱自洁消毒器接触以后的停留时间内，消毒作用仍在继续，开始停留时间10min内水箱自洁消毒器有持续消毒作用，30min以后就不在产生持续消毒作用。

水箱自洁消毒器与污水的接触方式对消毒效果也会产生影响，如采用鼓泡法，则气泡分散的愈小，水箱自洁消毒器的利用率愈高，消毒效果愈好。气泡大小取决于扩散孔径尺寸，水的压力和表面张力等因素，机械混合器、反向螺旋固定混合器和水射器均有很好的水气混合效果，完全可用于污水水箱自洁消毒器消毒。